สถานที่ที่ใช้ในการจัดงานประชุม Tokyo Summit คือ สิ่งก่อสร้างแห่งใหม่ในอ่าวโตเกียวที่มีชื่อว่า "Edge of Ocean" แต่สิ่งก่อสร้างขนาดมหึมาที่ต้องใช้กำลังตำรวจกว่า 2 หมื่นคน เพื่อรักษาความปลอดภัยสำหรับงานประชุมในวันที่ 1 พ.ค. นั้น กลับเกิดเหตุระเบิดครั้งใหญ่ขึ้น! ที่นั่นมีคนเห็นเงาของ อามุโร่ โทรุ ผู้สังกัดองค์กรลับของกรมตำรวจหรือในอีกชื่อหนึ่งว่า "เซโร่" ซึ่งมีอำนาจสั่งการตำรวจรักษาความมั่นคงทั่วประเทศ และโคนันก็อดสงสัยในการกระทำปริศนาของอามุโร่ที่เคลื่อนไหวอย่างลับ ๆ ไม่ได้

ลายนิ้วมือที่ถูกทิ้งไว้เป็นหลักฐานในที่เกิดเหตุ ทำให้บ่งชี้ได้ว่า คนร้ายคือ โมริ โคโกโร่ ผู้เคยมีชื่ออยู่ในกรมตำรวจ ส่วนโคนันที่เริ่มรู้สึกเป็นศัตรูกับอามุโร่ จากการที่โคโกโร่ถูกจับ ก็ได้ฟังเรื่องคดีประหลาดในอดีตที่อามุโร่เคยไล่ต้อนผู้ต้องสงสัยจนต้องฆ่าตัวตาย และขณะที่มีการลงมติสั่งฟ้องโคโกโร่ ก็เกิดเหตุก่อการร้ายปริศนาพร้อมกันหลายจุดในตัวเมืองโตเกียว ซึ่งอยู่ในภาวะเฝ้าระวังอย่างเข้มงวด! ระหว่างที่โคนันและตำรวจรักษาความมั่นคงกำลังเข้าใกล้ แผนสมคบคิดที่ถูกซ่อนอยู่ในคดี พวกเขาก็ได้รู้ว่าวันเปิดการประชุม Summit นั้น เป็นวันเดียวกับที่ยานสำรวจไร้มนุษย์ขนาดใหญ่ "หงส์ขาว" เสร็จสิ้นจากภารกิจที่ดาวอังคารและเดินทางกลับสู่โลก สุดท้ายแล้วจะมีอะไรเกิดขึ้นในวัน X Day ที่กำลังใกล้เข้ามากันนะ? แล้วอามุโร่ โทรุผู้เต็มไปด้วยปริศนา เป็นมิตรหรือศัตรูกันแน่?